HDDコピー・クローン作成ができるソフト、例えば私がよく利用するのはEaseUS Todo Backupですが、クローンディスクやバックアップしたディスクイメージから復旧した場合に、UEFIベースPCのWindows10で、 設定アプリの 回復→トラブルシューティング→詳細オプションの項目から、システムの復元、イメージでシステムを回復、スタートアップ修復、コマンドプロンプトの項目が消えて、UEFI ファームウェアの設定、スタートアップ設定 の2つしか出てこなくなっている場合が多いです。
普段の利用には支障がありませんが、何かあったときにトラブルシューティングの項目が出てこなかったり、回復ドライブを作成することもできなくなっているので困ることもあるでしょう。物理的に回復パーティションは存在しているので、reagentc.exe コマンドでWindows REイメージの場所を再登録することで直ります。
Windows RE の場所を再登録
WindowsのC:やD:ドライブの後ろにある、回復パーティション内のWindows REイメージ(WinRE.wimファイル)を含むディレクトリの場所の登録が外れてしまっているのが原因のようです。
なぜクローンコピーしたのに設定が変わってしまうのか理由はわかりませんが、UEFIのPCで起こったのでそれが関係あるでしょうか。BiosタイプのPCでは試してないので不明です。
下図は、Windows10をクリーンインストールした場合のディスクの管理 の画面です。C:ドライブの後ろにある回復パーティションですが、隠しボリュームになっているので通常クスプローラでは表示されないパーティションです。
機種によっては前方の回復パーティションだけしかなく、そこにWindows REイメージも入っている場合もあるようです。メーカー購入時のWindowsや、アップグレードWindows10の場合は、もっと複雑なパーティション構成になっています。
この回復パーティションの中を開いてWinRE.wimファイルがあるか探すのは簡単ではないので、推測で回復パーティションを決め打ちして操作します。間違っていたら途中で気付くので、最初からやり直します。

コマンド操作
操作はコマンドプロンプト(管理者)か、Windows PowerShell(管理者)のどちらかで行います。 スタート ボタンを右クリックして出てきた方を利用するのが早いです。
reagentc /info
まずは、現在の情報を表示します。Windows REの状態がDisable、場所が空欄になっているはずです。

diskpart
ここで、回復パーティションにドライブレターを付けるために、diskpart モードにします。
DISKPART> list volume
PCのVolume一覧をだして、目的のパーティションのVolume番号を調べます。目安はさきほどディスクの管理で見たパーティションサイズで判断します。下図では、Volume 4ということになります。

DISKPART> select volume 4 DISKPART> assign letter=r: DISKPART> exit
Volume 4を選択して、ドライブレター r: を付けて、Diskpartモードを終了します。
ここでアサインしたドライブレターは、PCを再起動するまで一時的に有効になっています。つまりは、作業後にドライブレターを外す必要はないです。(追記:ドライブレターが再起動後も外れないPCもあるようです。外し方は後述に追記しました。)
reagentc /setreimage /?
ここで一旦ヘルプを出します。というのも、次に入力するコマンドがヘルプの一番最後の行に例として出ているからです。キーボードのCtrl+C、Ctrl+Vでコピー&ペーストして利用できます。
REAGENTC.EXE /setreimage /path r:\Recovery\WindowsRE /target C:\Windows
このコマンドの処理が完了したら、パーティション選択が合っていたということです。処理が失敗する場合は、Windows REを含むパーティションではないということです。再起動してやり直します。
reagentc /enable
指定したWindows RE ブート イメージを有効にします。
reagentc /info
最後に現在の状態を確認します。Windows REの状態がEnable、場所にパスが入っていれば設定完了です。Enableにするのを忘れていると、再起動後に設定が元に戻ってしまうので注意です。

(追記)ドライブレター r: を手動で外すコマンドです。再起動後にドライブレターが外れる場合と外れない場合があるようです。手動で外しておいたほうが確実でしょう。
diskpart DISKPART> select volume 4 DISKPART> remove letter=r: DISKPART> exit
確認
PC再起動後に、 スタート → 設定→ 回復→PCの起動をカスタマイズする「今すぐ再起動」→トラブルシューティング→詳細オプション の画面の項目が5個以上出ているか確認します。

もうひとつ、Cortanaの検索欄に「回復ドライブ 」と入力して出てくる回復ドライブの作成 を開いて、USBメディアの作成準備ができるか確認します。こちらは、メーカー製PCの場合、作成できなくなっている可能性もあります。


回復ドライブは事前作成がお勧め
最近のWindows10搭載メーカー製PCは、この回復ドライブ作成機能でリカバリーメディアを作成するようになっているケースが多いです。クローンディスクやディスクイメージバックアップソフトを利用する場合は、事前に回復ドライブを作成しておいたほうが良いでしょう。純粋な意味で、メーカー工場出荷時に戻すことができなくなる可能性があります。
回復ドライブがあれば、回復の詳細オプションはUSBの回復ドライブから起動して選ぶことができます。つまりは、この記事の作業は不要かもしれません。
reagentc /enable
この結果がどうしてもエラーになるんですよね…
Pinさん、その一つ前のコマンドで回復パーティションの指定が違っているのではないでしょうか。
バージョン1803以降では、C:\Recovery\WindowsRE がWinRE.wimの場所になっていることもあるようです。
新品のThinkPad T480をSSD換装して、困ってました。
ガイドの通りで完全復旧しました。
たいへん助かりました。ありがとうございました。